Вагоны метро относились к железнодорожному подвижному составу, но в СССР после Великой Отечественной войны считались продукцией автомобильной промышленности. Дело в том, что выпускавший их Мытищинский машиностроительный завод официально считался автомобильным — он с 1946 года подчинялся Министерству автомобильной промышленности СССР, а его конструкторскую службу возглавлял специалист по автомобилям и боевой бронированной технике Николай Астров. С его участием появлялись на свет серии вагонов метро послевоенной разработки — «Д», «Е» и другие.
Конструкторский коллектив Астрова начал разработку вагонов типа «Е» в 1956 году, когда завод только освоил тип «Д», модернизированную версию последнего предвоенного и первого послевоенного вагона «Г». С 1960 по 1963 годы на линиях московского метро прошли испытания поезда, сформированные из опытных образцов вагонов новой модели «Е». К 1964 году завод сумел уверенно заменить базовую модель вагона, но на линиях новые «Е» работали параллельно со всеми прежними типами вагонов, постепенно вытесняя их.
Самый первый вариант вагона «Е» завод строил в 1963—1969 годах в количестве 130−150 вагонов в год. Весь их тираж, включая опытные образцы, достиг 826 экземпляров. Далее появились разные модернизированные серии, например, московская «Еж», внешне трудно отличимые от исходной модели. В 60-х годах ХХ века вагонами «Е» комплектовали не только метрополитены Москвы и Ленинграда, но и Киева, Тбилиси, Баку.
Создавая новые вагоны для метро, мытищинские конструкторы преследовали цель увеличить вместимость с одной стороны, а с другой стороны, снизить массу вагона и увеличить скорость его движения. Внешне это было заметно, так как вагоны «Е» стали чуть пошире, чем «Г» и «Д», а появление гофрированных бортов — следствие уменьшения толщины стенок кузова вагона. Рёбра придавали им необходимую жёсткость.
Уже в 1960-х годах завод постоянно модернизировал модель «Е». Новые рамы тележек, узлы подвески, электрические приборы не только внедрялись на новых построенных вагонах. Их в качестве запасных частей поставляли в депо и там активно вели модернизацию, устанавливая обновлённые узлы и агрегаты на находящемся в эксплуатации подвижном составе. С точки зрения обеспечения надёжности и безопасности пассажирских перевозок, это было разумное решение.
С 80-х годов ХХ века и до первого десятилетия нового века вагоны «Е» на линиях московского и ленинградского/петербургского метро постепенно уступали место вагонам новых «номерных» семейств.